合成生物素標記的DNA包括生物素標記的引物 用于DNA固相測序法(solid-phasesequencing)，采用生物素標記的引物進行PCR擴增，再用抗生物素蛋白釣出擴增產物，由于抗生物素蛋白與磁珠共價結合，所以用磁鐵吸附即可釣出擴增產物，大大簡化了DNA測序模板的純化步驟。此外，生物素標記的探針用于非放射性雜交檢測。DNA合成儀可用于合成生物素標記的探針和引物。 合成熒光素標記的DNA包括熒光素標記的引物
可在合成的DNA片段5’端標記幾種不同顏色熒光素(6-FAM、TET、HEX)，用于全自動DNA測序儀，還可用于PCR片段大小分析及定量分析，即基因組型分析和基因表達水平的研究。此外熒光素標記的探針用于原位PCR雜交檢測，進行基因在染色體上的定位。而熒光素標記的DNA包括熒光素標記的引物皆可采用DNA合成儀進行合成。 合成RNA
用DNA合成儀合成的RNA主要用于核酶研究，核酶可作為生物導彈轉化到細胞中，定點切割有病基因，如癌基因等。
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